Berdasarkan UU Nomor 53 Tahun 1999, Kabupaten Karimun berasal dari sebagian wilayah Kabupaten Kepulauan Riau yang terdiri dari; Kecamatan Karimun, Moro dan Kundur. Undang-undang tersebut diperbaharui menjadi UU Nomor 13 Tahun 2000 dimana Kabupaten Kepulauan Riau dimekarkan menjadi Kabupaten Karimun, Kabupaten Natuna dan Kabupaten Kepulauan Riau (sekarang menjadi Kabupaten Bintan dan Kabupaten Lingga). Untuk memperpendek rentang kendali pemerintahan dan mempercepat proses pembangunan dalam meningkatkan pelayanan dan mensejahterakan masyarakat, Kecamatan-kecamatan dimekarkan dan saat ini sudah sembilan Kecamatan yaitu ; Kecamatan Karimun, Tebing, Meral, Buru, Kundur, Kundur Utara, Kundur Barat, Moro dan  Durai.