Sesuai dengan Visi dan Misi yang telah ditetapkan maka dilakukan beberapa program kerja yang selanjutnya direalisasikan pada beberapa proyek yang dijabarkan melalui kegiatan – kegiatan yang telah dilakukan Pemerintah Daerah Kabupaten Karimun melalui dinas Perikanan dan Kelautan.
Program pembangunan Dinas Perikanan dan Kelautan Kabupaten Karimun diarahkan pada :

• Program pemberdayaan masyarakat nelayan, pembudidayaan ikan dan masyarakat pesisir lainnya.
• Program peningkatan pertumbuhan ekonomi kerakyatan sektor kelautan dan perikanan.
• Program peningkatan saran dan prasarana perikanan dan kelautan.
• Program penataan wilayah pesisir dan pulau-pulau kecil daerah perbatasan
• Program pengembangan sumberdaya manusia aparatur, nelayan, pembudidaya ikan, masyarakat pesisir dan pengutan kelembagaan.

Dinas Perikanan dan Kelautan Kabupaten Karimun selama ini melakukan program pembangunan yang dananya dialokasikan dari berbagai sumber terdiri dari dana APBD Kabupaten, APBD Propinsi dan dana APBN. Beberapa program kerja yang dihasilkan dari kegiatan – kegiatan yang telah diimplementasikan diharapkan mampu meningkatkan pendapatan masyarakat perikanan. Adapun kegiatan yang mengalami peningkatan yang sangat nyata pada masyarakat adalah mulai berkembangnya usaha budidaya baik budidaya air laut, air tawar maupun air payau yang sebelumnya masih belum berkembang di Kabupaten Karimun. Untuk lebih meningkatkan pembangunan perikanan dan kelautan di Kabupaten Karimun sekaligus menjadikan perikanan dan kelautan sebagai sumber perekonomian yang diunggulkan diperlukan program pembangunan secara terpadu dan berkesinambungan. Disamping itu yang tidak kalah pentingnya adalah komunikasi yang baik dan berkesinambungan yang merupakan salah satu syarat mutlak dalam mensinergikan semua potensi yang ada dalam membangun sector perikanan dan kelautan karena sector ini membutuhkan sentuhan tangan-tangan profesional, sehingga untuk menggerakkan hal ini membutuhkan peran komunikasi antar stakeholders. Sesuai dengan potensi yang dimiliki Kabupaten Karimun di sector perikanan dan kelautan cukup besar sedangkan dana yang dimiliki masih terbatas diharapkan melalui Pemerintah Pusat bisa mengalokasikan dana APBN untuk menunjang pembangunan perikanan dan kelautan di Kabupaten Karimun. Sehingga melalui kegiatan ini diharapkan sektor perikanan dan kelautan bisa dijadikan sebagai sumber perekonomian masyarakat dan bisa meningkatkan kesejahteraan masyarakat terutama masyarakat pesisir sebagaimana program pemerintah untuk mengentaskan kemiskinan, disamping itu yang tidak kalah pentingnya dapat dijadikan sebagai sumber pendapatan asli daerah (PAD) Kabupaten Karimun. Untuk merealisasikan program tersebut perlu adanya kegiatan – kegiatan yang dapat menunjang pengembangan usaha perikanan dan kelautan di Kabupaten Karimun. Adapun kegiatan yang perlu diperhatikan sebagai penunjang pengembangan usaha perikanan dan kelautan yang berada di Kabupaten Karimun terdiri : 

• Pengembangan Sarana dan Prasarana.
• Pengembangan Usaha Penangkapan.
• Pengembangan Usaha Budidaya.
• Pengembangan Usaha Pasca Panen.
• Peningkatan Pengawasan dan Pengendalian Sumber  Daya.
• Pengembangan Sumber Daya Manusia.

Semakin berkembangnya populasi penduduk dan peningkatan kesadaran pemenuhan gizi makanan mengakibatkan peningkatan permintaan pasar ikan dalam dan luar negeri. Dalam pemenuhan kebutuhan tersebut tidak bisa hanya dipenuhi dari hasil perikanan tangkap yang hasilnya cenderung menurun dari tahun ke tahun. Akan tetapi perlu didukung dari usaha budidaya yang mulai dirintis penerapannya di masayarakat melalui pembudidayaan ikan karena hal ini sangat didukung dengan potensi daerah yang dimiliki oleh daerah ini dimana hampir 76 % merupakan wilayah laut serta didukung dengan telah berkembangnya teknologi dalam kegiatan keramba jaring apung, rumput laut, tambak dan kolam air tawar. Pengembangkan usaha perikanan baik penangkapan maupun budidaya perlu didukung oleh infrastuktur yang terpadu dan saling melengkapi. Pada usaha penangkapan perlu pengadaan pelabuhan perikanan yang nantinya akan dilengkapi dengan sarana dan prasarana seperti pabrik es, cold stroge, pabrik pengolahan, pangkalan pendaratan ikan, laboratorium, pangkalan pembuatan dan perawatan kapal ikan serta tempat Pelelangan Ikan ( TPI ). Sedangkan usaha budidaya diperlukan lahan yang produktif, pabrik pakan (distributor), pabrik pengelolahan, hatchery dan pasilitas pendukung lainya. Untuk pemenuhan berbagai infrastruktur tersebut Dinas Kelautan dan Perikanan Kabupaten Karimun akan mencoba bekerjasama dengan instansi pemerintah dan swasta dalam dan luar negeri. Kegiatan pengembangan sumberdaya kelautan dan perikanan Kabupaten Karimun dilandasi oleh otonomisasi daerah dengan diberikan kewenangan pada daerah untuk memanfaatkan dan mengelola kekayaan laut yang ada di daerah kita ini. Hal ini dalam upaya mengatisipasi kesiapan Kabupaten Karimun untuk membina kerjasama yang telah dirintis melalui IMS – GT ( Indonesia, Malaysia, Singapura – Growth Triangle ) karena secara geografis Kabupaten Karimun merupakan salah satu daerah sasaran bagi investor baik dalam maupun luar negeri, ditopang dengan konsidi iklim berusaha yang kondusif dan birokrasi yang tidak berbelit-belit sehingga menjadikan daerah ini tetap menjadi perhatian bagi para investor.. Selanjutnya menghadapi pasar bebas maka Kabupaten Karimun yang berbatasan langsung dengan negara tetangga (Malaysia dan Singapura)  harus menyiapkan diri sendiri mungkin baik sumber daya manusia maupun potensi sumberdaya alamnya. Berdasarkan hasil evaluasi program – program sebelumnya, maka dalam tahun 2008 program pembangunan Kabupaten Karimun ditetapkan sebagai berikut :

• Program Peningkatan Produksi Perikanan :
  1. Strategi Peningkatan Sarana / Prasarana Perikanan
  2. Optimalisai Pengolahan Sumberdaya Hayati Perikanan
  3. Peningkatan Usaha dan Komoditi Perikanan
  4. Strategi Motivasi Penanaman Modal dalam dan luar negeri
  5. Strategi Peningkatan Kemitrausahaan
  6. Optimalisasi peran Aparat Perikanan
  7. Penerapan Tata dan Peraturan Perikanan
• Program Peningkatan Kualitas Sumberdaya Manusia Perikanan
  1. Strategi Peningkatan Kualitas Pelaku Perikanan
  2. Peningkatan Kualitas Teknis Aparat Perikanan